Rozhovory
RNDr. Kateřina Snopková, Ph.D. o výzkumu, cestách na Antarktidu i o vlastní bakterii.
Do Antarktidy se poprvé vydala ještě před založením rodiny a přivezla si odtud vzorky, které jí nakonec pomohly splnit dětský sen. Doktorka Kateřina Snopková, mikrobioložka působící na Mendelově univerzitě a ve Fakultní nemocnici u sv. Anny, objevila a popsala novou bakterii Pseudomonas rossensis. V nejnovějším díle P-LAB CASTu, který nás tentokrát zavedl hluboko do tajů extrémní mikrobiologie, detailně rozebrala, proč bakterie na plastech představují tikající bombu, jak náročný je proces pojmenování nového organismu a proč pro budoucnost medicíny potřebujeme zkoumat ty nejdrsnější kouty naší planety.
Kompletní epizodu podcastu P-LAB CAST naleznete na Spotify, YouTube nebo na platformách Podcasty.cz a České podcasty. Níže najdete vybrané pasáže v textové podobě.
Její cesta k mikrobiologii přitom nebyla přímočará. Původně začala studovat zahradní architekturu, ale brzy zjistila, že potřebuje v životě jasnější mantinely, a tak přestoupila na Masarykovu univerzitu. „Ani si to neuvědomujeme, ale my jsme vlastně takové chodící nádoby na bakterie, které v nás žijí, ovlivňují naši náladu, jak se cítíme, jak jsme produktivní. Je to úplně fascinující tohle dělat a mít možnost být u toho, když ty objevy vznikají,“ popisuje Snopková své nadšení pro obor.
Na Antarktidu se doktorka Snopková podívala dvakrát. První tříměsíční expedice směřovala na ostrov Jamese Rosse, druhá, poznamenaná zraněním ruky, na ostrov Nelson, respektive King George Island. Podmínky na místě mají k luxusu daleko a vědci tam fungují jako uzavřená komunita. „Dlouhodobě jsem si říkala, že to musí být minimálně profesor, který se tam dostane. Překvapilo mě, že tam jezdí normální lidi a všichni mají službu v kuchyni. Musela jsem vařit. Uvařím, a jestli se to dá jíst, to je věc druhá,“ usmívá se mikrobioložka při vzpomínce na chod polární stanice.
Právě z první expedice si doktorka Snopková přivezla vzorky, ze kterých se podařilo izolovat novou bakterii. Pojmenovat vlastní organismus byl její velký sen, ale proces popisu trval reálně roky, protože taxonomie pseudomonád je extrémně složitá. „Běžný threshold pro diferenciaci bakterií je 98% shoda pro gen kódující malou jednotku ribozomu. Když to ale aplikujete na pseudomonády, tak vám do toho spadne dalších třicet druhů. Takže se musí dosekvenovávat další geny a porovnávat proteiny i mastné kyseliny,“ přibližuje náročný proces.
Dalším oříškem bylo samotné jméno. „Chtěla jsem ji pojmenovat po nějakých českých polárnících, ideálně po ženě, ale ukázalo se, že žádná taková neexistuje, protože ženy jezdí do Antarktidy teprve posledních patnáct až dvacet let,“ vysvětluje vědkyně. Volba nakonec padla na ostrov Jamese Rosse. „Konzultovala jsem to s německým expertem na latinu a ten mi řekl, že když se to pojmenovává podle geografického území, musí to mít koncovku -ensis. Takže vzniklo rosensis,“ dodává k finálnímu názvu.
Tento objev ovšem není jen teoretickým úspěchem. Pseudomonády jsou všestranné bakterie, které na jedné straně pomáhají, ale na straně druhé figurují jako obávané nemocniční patogeny. „Jsou nenáročné na živiny, teplotu nebo pH, přežijí i v půdách kontaminovaných ropou nebo těžkými kovy. A tím, že jsou takhle nenáročné, jsou velmi rezistentní,“ upozorňuje Snopková.
Ve svém výzkumu se zaměřuje na biofilmy, což jsou bakteriální vrstvy obalené slizem, kterých se v klinickém prostředí velmi špatně zbavuje. Její tým studuje látky produkované antarktickou bakterií, které by mohly cíleně zabíjet nemocničními kmeny bakterie Pseudomonas aeruginosa. Tento patogen je dominantní hrozbou pro pacienty s cystickou fibrózou, kterým se v plicích hromadí hlen. „Ideální prostředí pro bakterie, ony se tam zahnízdí, udělají biofilm a pak to často končí transplantací nebo bohužel smrtí. Naše bakterie produkuje látky, které by tento patogen mohly cíleně zabíjet,“ doplňuje s nadějí.
Dalším hlubokým tématem rozhovoru byla celosvětová hrozba antibiotické rezistence. Zarážející je fakt, že výzkumný tým nachází i v izolované Antarktidě plastový odpad. „Sleduji antibiotickou rezistenci i z druhé strany. Ne to, jaké antimikrobiální látky bakterie mohou produkovat, ale jak ony samy jsou rezistentní. Prostředí v Antarktidě je velmi extrémní, je tam vysoké UV záření a bakterie podléhají opakovanému rozmrzání a zamrzání,“ popisuje výzkum vzorků nalezených na plastech vyplavených na polárních plážích.
Varuje přitom před temnou prognózou Světové zdravotnické organizace. Vývoj nových antibiotik je extrémně drahý a pro farmaceutické firmy často nevýhodný. „Už dneska v České republice umírá několik stovek lidí každý rok na infekce spojené s rezistentními bakteriemi, a obecně víc, než je obětí dopravních nehod. WHO upozorňuje, že do roku 2050 by se tyhle infekce mohly vyhoupnout až na 10 milionů úmrtí ročně a stát se vůbec nejčastější příčinou smrti,“ uzavírá mikrobioložka s apelem na nutnost tento problém začít aktivně řešit dřív, než bude pozdě.
Celou epizodu můžete poslouchat na Spotify, YouTube nebo na platformách Podcasty.cz a České podcasty. Příjemný poslech!
Autor: Vojtěch Pres, Lucie Kuchtová
